Ich hab das Problem jetzt identifiziert.
Das Problem trat auf wenn ihr noch eine IP von einem anderen Gateway als dem von eurem aktuellen Knoten hattet und der Traffic daher den Umweg über einen der Gateway Cross Connects gegangen ist. Hier gab es Probleme mit der Tunnel MTU die jetzt aber gefixt sein sollten.
tl;dr Es sollte jetzt wieder alles gehen.